Bom e bem expressam avaliação positiva, mas pertencem a classes gramaticais diferentes e por isso aparecem em contextos distintos. A confusão surge porque ambos podem transmitir qualidade, aprovação ou estado favorável, embora um costume modificar substantivos e o outro verbo, adjetivo ou advérbio.

Bom concorda em gênero e número com o substantivo que acompanha. Ele é usado antes de substantivos e em expressões fixas como Comparações, nas quais a forma correta depende da função nominal. Também pode aparecer como predicativo após verbos de ligação, quando a ideia principal é de qualidade atribuída ao sujeito.

Ideia	Exemplo
Antes de substantivo, usa se bom para concordar com o nome.	A turma teve uma boa aula.
A forma varia conforme gênero e número.	Recebemos bons conselhos.
Em saudações fixas, usa se bom.	Desejo bom dia a todos.
Após verbo de ligação, bom pode indicar qualidade.	O resultado está bom.

Bem é invariável e não flexiona por gênero ou número. Ele modifica verbos, adjetivos e outros advérbios, indicando modo, intensidade ou estado. Por isso também aparece em construções como Por vs Para, nas quais a função da palavra na frase determina sua forma correta.

Ideia	Exemplo
Com verbo, bem indica maneira.	Ela fala bem.
Com adjetivo, bem pode intensificar a qualidade.	Ele está bem cansado.
Com advérbio, bem também é possível.	Ela chegou bem cedo.
Bem forma compostos com valor adjetival.	Ele é bem sucedido.

Em perguntas e respostas rápidas, Tudo bem e Tudo bom circulam no uso cotidiano, mas Tudo bem é mais neutro e Tudo bom é mais coloquial ou regional. Em falas informais, Está bom e Está bem podem se aproximar de um mesmo valor de aceitação, embora está bem costume soar mais como concordância ou confirmação e está bom mais como avaliação satisfatória.

Região	Palavra ou Expressão	Definição Regional	Exemplo
Geral	Tudo bem	Forma neutra e muito comum para perguntar ou responder sobre o estado geral.	Tudo bem, obrigado.
Coloquial	Tudo bom	Forma mais informal e regional para cumprimentar ou perguntar sobre o estado geral.	Tudo bom por aí?
Informal	Está bem	Expressa concordância, aceitação ou confirmação.	Está bem, eu vou.
Informal	Está bom	Expressa que algo parece satisfatório ou aceitável.	Está bom para mim.

A escolha fica mais simples quando se observa a palavra que está sendo modificada. Se a ideia acompanha um substantivo, a forma adequada é bom, bons, boa ou boas; se acompanha verbo, adjetivo ou advérbio, a forma adequada é bem. Como bem é invariável e bom flexiona, a classe gramatical resolve a maioria das dúvidas.