Já e ainda são advérbios de tempo e situam eventos no tempo em relação ao momento de fala. A confusão aparece porque os dois podem marcar referência ao presente ou a um intervalo temporal que continua relevante agora. A escolha certa depende de saber se a ideia principal é de ocorrência ou término, ou de continuidade até agora.

Já marca que algo aconteceu, ocorreu antes do momento de referência ou já se completou. Em afirmações positivas, dá ênfase ao facto de o evento ter acontecido, e em perguntas procura saber se a ocorrência já teve lugar. Costuma aparecer com tempos de passado e com estruturas de pretérito perfeito, e pode surgir antes do verbo ou entre o auxiliar e o particípio, como se vê em Advérbios de tempo.

Ideia	Exemplo
Ocorrência anterior	Ele já chegou.
Pergunta sobre ocorrência	Já viste o filme?
Término ou conclusão	A reunião já acabou.
Posição típica	Ela já tinha saído.

Ainda marca continuidade, persistência ou uma situação que se mantém até agora. Em frases negativas, ainda + negativo indica que algo não aconteceu até ao presente, e em perguntas pode questionar se a continuidade persiste. Também pode aparecer com valor de futuro, quando a ideia é que algo vai acontecer mais tarde, e o contexto ou a entonação ajudam a fixar esse sentido.

Ideia	Exemplo
Continuidade	Ele ainda está aqui.
Negativa até agora	Ela ainda não chegou.
Pergunta sobre continuidade	Ainda estás em casa?
Futuro próximo	Ainda vai acontecer.

A oposição mais importante é esta: já aponta para algo que aconteceu ou se completou, enquanto ainda aponta para algo que continua ou não ocorreu até agora. Por isso, Ele já está aqui e Ele ainda está aqui transmitem ideias opostas. Quando a intenção é decidir entre os dois, pergunta primeiro se queres marcar ocorrência concluída ou continuidade em curso.

Situação	Escolha	Exemplo
Algo aconteceu	Já	Ele já está aqui.
Algo continua	Ainda	Ele ainda está aqui.
Algo não ocorreu	Ainda	Ela ainda não terminou.

Já também pode aparecer isolado como resposta curta e expressar impaciência, ordem ou urgência, num uso pragmático diferente do valor temporal normal. A entonação é decisiva nestes casos. No uso coloquial do português do Brasil, já já significa em breve e não deve ser lido com o mesmo valor de já sozinho.

Expressão	Definição	Exemplo
Já	Expressa impaciência ou urgência.	Já! Quero sair agora.
Já já	Significa em breve no português do Brasil.	O comboio chega já já.
Entonação	Pode mudar o sentido da palavra.	Já? disse ele, sem acreditar.

A regra decisiva é simples: usa já quando queres marcar que algo aconteceu, terminou ou já se verificou, e usa ainda quando queres marcar que algo continua, permanece ou não aconteceu até agora. Em perguntas, já pergunta pela ocorrência e ainda pergunta pela continuação. A leitura correta nasce da combinação entre contexto, tempo verbal e entonação, tal como acontece em Colocação de advérbios e em Preposições de tempo.